РН на изпражненията обикновено е неутрално или слабо алкално (6,8 - 7,5). По -киселите изпражнения, физиологични само при новороденото, могат да показват чревни инфекции (Escherichia coli, ротавирус) или храносмилателни разстройства, като непоносимост към лактоза или мазнини (стеаторея поради панкреатична недостатъчност или жлъчна стаза).
РН на изпражненията се влияе от хранителните навици на субекта; например диетите, прекалено богати на месо и млечни продукти, правят изпражненията по -алкални. Гнилостната чревна бактериална флора всъщност разрушава аминокиселините, избягали от абсорбцията, генерирайки токсични и неприятно миришещи амини; следователно рН на изпражненията има тенденция да се повишава в резултат на увеличеното производство на амоняк. Следователно не е случайно, че фекалното рН, което е твърде алкално, придружено от намаляване на късоверижните мастни киселини (виж бутират), е свързано с повишен риск от колоректален рак.
Ако рН на изпражненията има тенденция да се повишава в присъствието на гнилостна дисбиоза, тя има тенденция да намалява в присъствието на ферментативна дисбиоза, причините за която се намират в прекомерното поглъщане на въглехидрати или в лошото усвояване на същите ( целиакия). Дори при наличието на "обилен прием на липиди, при вегетарианска диета и при продължително гладуване, рН на изпражненията става кисело.
За да се избегне изкривяване на резултатите от теста, изпражненията не трябва да бъдат замърсени с урина и трябва бързо да се охладят в хладилник, за да се предотврати амонякът на урината и гнилостните бактерии да направят фекалното рН алкално.