Патогенезата изследва развитието на болестта и свързаната с нея верига от събития, които стъпка по стъпка определят морфо-функционалните промени на клетките и тъканите, принадлежащи на засегнатите органи. Тези промени могат да бъдат причинени от химически, физически или биологични агенти (вируси, бактерии и др.).
Следователно бихме могли да определим патогенезата като механизма, чрез който етиологичен агент (причинител, например бактерия или радиация) определя заболяването. Неслучайно терминът патогенеза произлиза от обединението на гръцките думи патос, "болест", напр генезис, "създаване".
Докато етиологията определя причините, патогенезата изследва последствията.
Следователно при четене на медицински текстове можем да срещнем термини като: микробна патогенеза, възпалителна патогенеза, вирусна патогенеза, злокачествена патогенеза (тенденция на заболяване, обикновено тумор, постепенно да се влошава, докато стане потенциално смъртоносно). Много заболявания признават различни причинно -следствени фактори (многофакторна етиология), а още по -многобройни са тези, характеризиращи се с различни еволюционни механизми (множествена патогенеза).